1
ответ
найти строки, содержащие точную строку
У меня есть файл csv, из которого я пытаюсь извлечь только строки с "Ann_Pet.Fal". Это должно быть очень просто, набрав grep -w "Ann_Pet.Fal" my.file.
К сожалению, это не работает, и я получаю...
16.09.2019
1
ответ
Как вырезать определенные строки из столбцов, разделенных табуляцией?
У меня есть файл (.gff3) с девятью столбцами, разделенными табуляцией. ##gff-версия 3
##другая информация
0 . мРНК 1300 9000 . + . ID=mrna0001;Name=sonicedgehog
1 . exon 1300 ...
14.09.2019
1
ответ
Создание множества символических ссылок
У меня есть файл sample_long.20Bids.txt с таким содержимым: P2_305_USD16089489L_HJJNWDSXX_L4
P2_307_USD16089490L_HJNMNDSXX_L3
P2_42_USD16089409L_HJM27DSXX_L1
P2_43_USD16089410L_HJM27DSXX_L1
...
11.09.2019
1
ответ
Как я запускаю эти команды одновременно для разных файлов
Представьте себе, что у меня есть 16 отдельных папок с именами от A1 до A16 внутри каждой из них. У меня есть файл с именемalign.sorted.bam С помощью этих команд я хочу преобразовать выровненный.сортированный.бам в модуль выровненный.сам ...
10.09.2019
1
ответ
Ошибка "xargs" в отношении файлов пар и одиночных файлов
В настоящее время я работаю с HISAT2 и пытаюсь использовать xargs, чтобы упростить себе жизнь при вводе нескольких образцов. Итак, у меня есть текстовый файл "samples.txt", в котором каждое имя сэмпла разделено пробелами-...
05.09.2019
1
ответ
Возьмите файлы fastq с одинаковыми именами в папке и добавьте их в сценарий (попарно)
У меня есть набор файлов с такими именами внутри папки: AM11_BW415_R1.fastq.gz NAM13_BW968_R2.fastq.gz NAM17_AC_Barrie_R1.fastq.gz NAM3_PI648600_R2.fastq.gz NAM7_Glenlea_R1.fastq.gz ...
12.07.2019
1
ответ
как загрузить ссылку ebi fastq через командную строку с помощью wget/curl
У меня есть множество данных (fastq) для загрузки из базы данных ENA. Пример: ERS076383 ERS012262 ERS160574 ERS349280 и т. д. Ссылка для загрузки через браузер: https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?...
04.06.2019
1
ответ
извлечь строку в файле, если первый столбец совпадает с другим файлом?
У меня есть два текстовых файла (разделенных табуляцией). Я хочу получить строку из файла 2, если первый столбец или идентификатор совпадают в файле 2. Пример ниже: Файл 1: 115
147
222
322 Файл 2: 0 ...
23.05.2019
1
ответ
хвост: ошибка записи "стандартный вывод": Broken pipe
I tried to use some scripts that use tail commands on Debian stretch but I got tail: error write 'standard output': Сломанная труба. Различается ли в Debian синтаксис хвоста и труб? Спасибо в ...
04.05.2019
1
ответ
для циклов для поиска нескольких текстов из родительского файла в несколько файлов одной командой
У меня есть 29 файлов fasta (расширение .fa), названных и сохраненных последовательностей в соответствии с их генами. (Пример: рибосомный белок L1, рибосомный белок L6P/L9E,...) Всего было 722 вида...
05.04.2019
1
ответ
Как загрузить общедоступный набор данных из Интернета в Linux?
Мне нужно загрузить общедоступный набор данных (от OpenNeuro) онлайн в Linux, чтобы я мог работать с этими данными. Как это сделать?
04.04.2019
1
ответ
Почему поведение ERR-ловушки отличается от версий bash 3 и 4?
Фон Выполните следующий код в bash 3, 4 и 5 соответственно, и вы получите разные результаты. (функция handle_error () {echo ERROR;}; ловушка handle_error ERR; (выход 1)) Представьте, что (...
19.02.2019
1
ответ
Извлечение столбцов и строк из файла [закрыто]
У меня есть список из 164 SNP, которые мне нужно сопоставить с очень большим.txt из базы данных и извлеките из этого текстового файла несколько столбцов и строк, соответствующих этим SNP, и распечатайте их в новом тексте ...
18.11.2018
1
ответ
удалить чтение из файла fastq
Я хочу удалить четыре строки из файла fastq. Например, обычно файл выглядит следующим образом: (каждому образцу соответствуют четыре строки) @M04241:303:000000000-BR896:1:1102:21438:12389 1:N:0:TATGGCAC
...
27.06.2018
1
ответ
Извлечение строк, содержащих шаблон + следующая строка
У меня есть два файла: один, содержащий список идентификаторов (файл A), и другой, содержащий список идентификаторов плюс их соответствующий текст - который всегда находится на следующей строке (файл B). Файл A: >161@1983
>947@...
07.05.2018
1
ответ
преобразование файла fasta в обычный текст
как преобразовать формат fasta с ">" в простой текстовый файл напр.
ввод: файл fasta> 1M14
Вывод GATCGGACTAGCTAA: простой текстовый файл GATCGGACGAGCTAA
04.03.2018
1
ответ
Измените числа в этой форме: 0,873000 / 0,234000 на эту форму: 87/23
Из файла, подобного этому (филогенетическое дерево, в котором поддержки ветвей находятся между 0 и 1) : (AJirio: 0,00207, (AJama: 0,00176, (AJtok: 0,00034, AJkago: 0,00057) 0,832000: 0,00080) 0,934000: 0,00111) 0,923000 I ...
31.01.2018
1
ответ
Изменить символ в столбце в зависимости от инструкции из другого столбца
Я пытаюсь настроить сценарий, который преобразует последовательность кодонов в другую последовательность кодонов в зависимости от вариантов, которые я нахожу в мои данные NGS. В настоящее время Мой сценарий создает выходной файл с разделителями табуляц
02.01.2018
1
ответ
Обновить значения файла, используя информацию из другого файла
Файл 1: P SNP:
0,266234 1: 11008
0,266234 1: 11012
0,340042 1: 13110
0,86724 RS201725126
0,86724 долл. США200579949
0.127269 1: 1327 Файл 2: snp chr: pos
rs201725126 1: ...
11.06.2017
1
ответ
Получение согласованного файла фесты
list.txt: 58759 __ len __ 2903 58759 __ len __ 2903 673957 __ len __ 1655 673957 __ len __ 1655 3566454 __ len __ 1744 seq.fasta:> 58759 __ len __ 2903 TTTTCCGTAGAGGAGATCCCTATTTTTAGGTTTGTAAGAGATCATTTT>...
31.05.2017
1
ответ
удалить TAG / TAA / TGA
У меня есть файл в указанном ниже формате. Мне нужно удалить стоп-кодоны (TAG / TAA / TGA) все, что соответствует TAG, TAA или TGA. поиск должен быть кратным трем. (как будто он должен искать каждый ...
27.02.2017
1
ответ
объединить мульти fasta последовательности [закрыто]
У меня есть этот файл, который имеет много последовательностей до 500 последовательностей некоторые из этих последовательностей имеют одинаковые имена я хочу объединить репликацию в один файл 1 >1
aa
>2
cc
>3
tt
>4
atc
>2
...
23.01.2017
1
ответ
Проблема, если каталог существует
У меня есть следующий код: #! / Bin / bash при чтении строки
делать
эхо "линия" $ линия
если [[-d ../Results/${line}_Forward && -d ../Results/${line}_Reverse]]
затем cd ../Results/COMBI ...
15.01.2017
1
ответ
Проблема с обрезкой хвостовых символов
У меня есть следующий скрипт: #! / Bin / bash SINGLE = `cut -c 7-21 Data.txt` cd .. / FASTA_SEC / для i в $ {SINGLE}; делать, если [-r ../FASTA_SEC/${i}.fa]; then HEAD = `sed -n 2p ../ FASTA_SEC / $ {i} ....
11.01.2017
1
ответ
samtools / sed для редактирования файла BAM
У меня есть следующая команда sed, которая ch измените имя хромосомы: для файла в /myoldpath/*.bam; сделать filename = echo $ file | вырезать -d "." -f 1 просмотр Samtools -H $ file | sed -e 's / SN: ([0-9XY]) / SN: chr \ 1 /' ...
06.01.2017
1
ответ
Как вырезать последовательность fasta по определенным номерам и сгенерировать ORF
У меня есть файл, показанный ниже: CDS join (36..56,37..67) CDS 36..183 CDS 457..565 CDS join (505..519,521..596) Соединение CDS (577..591,725 .....
25.06.2016
1
ответ
Создание списка, содержащего имена файлов с путями
У меня есть каталог (INPUTDIR) с демонстрационными именами как подкаталоги (508_C, 540_C, 570_D и т.д.).Within они каждый подкаталоги, там другой каталог под названием FASTQ, который содержит два вида файлов. например....
02.12.2014
1
ответ
подсчет нескольких шаблонов в единственной передаче с grep?
Я записал grep цикл, чтобы многократно считать DNA trinucleotides в gzipped файле фесты DNA, содержащем последовательности DNA, например, объявить-a тримаран = (AAA AAC AAG AAT CAA.. и т.д.), поскольку я в $ {тримаран} делаю...
11.02.2014
0
ответов
использование sed для захвата групп
У меня есть такой файл :chr1 3143567 3143568.3 -2704 1.000000|ENSMUSG00000102693.2 chr1 3143599 3143600.3 -2705 1.000000|ENSMUSG00000102693.2 chr1 3143631 3143632.3 -2706 1.000000|ENSMUSG00000102693.2 чр1 3143663 3143664.3
20.10.2021
0
ответов
Перебрать файл с уникальным идентификатором и вычислить кумулятивную сумму
У меня есть большой текстовый файл, как показано ниже, где столбец1 -столбец3 определяет регион, а четвертый столбец является уникальным идентификатором. Столбцу 6 присвоено значение региона. chr6 26204834 26204839 регион1 + 119,862 chr6 26204834 26204835
20.09.2021