Как вырезать определенные строки из столбцов, разделенных табуляцией?

Чтобы извлечь все данные для хромосомы 5, вы можете использовать простую команду awk:

awk -F '\t' '$1 == "5"' file.gff3 >chr5.gff3

Чтобы также включить заголовки GFF:

awk -F '\t' '/^#/ || $1 == "5"' file.gff3 >chr5.gff5

Любая из этих команд будет читать из file.gff3и записывать извлеченные данные в новый файл chr5.gff3.

Вы можете легко расширить это, например, включив только экзоны:

awk -F '\t' '/^#/ || ($1 == "5" && $3 == "exon")' file.gff3 >chr5.gff5