удалить чтение из файла fastq

sed 'N;N;N;/\n\n/d' file.fastq >new-file.fastq

Это считывает четыре строки записи FastQ, а затем проверяет, содержит ли она два последовательных символа новой строки. Если это так, вся запись игнорируется. Если это не так, он печатается. Это будет повторяться для всех записей в файле. Все напечатанные записи идут в новый файл (здесь new-file.fastq).

Скрипт sedс аннотациями:

         # (implicit: read a line)
N;       # read a second line, append it to the pattern space with embedded \n in-between
N;       # read a third line
N;       # read a fourth line
/\n\n/d  # if there are two consecutive newlines, delete and continue from top
         # (implicit: print)

Комментарий коллеги:

Fastq records are often paired, and software tends to throw a fit when pair mates are not found without explicitly telling it mates are missing. Several tools have a minimum length option like trimmomatic that will keep pairing, and separate orphaned records.

Это означает, что если чтения в вашем файле являются парными, и одна из пар пуста, вы испортите пару, просто удалив пустую запись.

Удаление сопряжения пустого чтения было бы намного сложнее, если бы не использовались уже существующие инструменты биоинформатики. С инструментами из стандартного набора инструментов Unix это, вероятно, будет включать сохранение пустых операций чтения в отдельный файл, а затем, используя их заголовки FastQ, сканирование и удаление соответствующих сопряжений.

Однако данные, показанные в вопросе, представляют собой только непарные чтения.