Создание множества символических ссылок

Если я правильно понимаю, у вас есть файл samples_long.20Bids.txt, содержащий имена, по одному имени в строке. У вас есть каталог, содержащий файлы (или который позже будет содержать файлы ). Вы хотите создать символические ссылки из другого каталога в этот каталог с тем же базовым именем для файлов.

Это легко сделать с помощью петли оболочки. (См. Понимание "IFS= чтение -r строки" для подробного объяснения того, как работает этот цикл. Простое объяснение состоит в том, что тело цикла выполняется один раз для каждой строки в файле.)

while IFS= read -r line; do
  ln -s "/disk1/results/alignment/P2_90/$line".
done <samples_long.20Bids.txt

Я не буду объяснять, что вы сделали не так с кодом awk, потому что понятия не имею, что вы хотели сделать.