samtools / sed для редактирования файла BAM
Это должно сделать это:
ps axhk comm
axe -- Показать все процессы в системе.
h -- Нет заголовка.
k comm -- Указывает порядок сортировки по командам.
При присвоении переменной filename вы можете использовать утилиту basename следующим образом:
filename="$( basename "$file" .bam )"
Это даст filename значение myfile , если $ file , например, /my/data/myfile.bam (т. е. будет удалите любой элемент пути, а также указанный суффикс).
Вы даже можете использовать
filename="/mynewpath/$( basename "$file" .bam )_chr.bam"
или
filename="$( printf '/mynewpath/%s_chr.bam' "$( basename "$file" .bam )" )"
В последних двух примерах вы позже будете использовать "$ filename" вместо "/ mynewpath / $ {filename} _chr.bam " для перенаправления.
Что касается sed :
sed -e 's/SN:([0-9XY])/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/'
Это вставит строку chr в SN: X , где X - хромосома. имя, превращая его в SN: chrX . Однако вам нужно будет либо использовать \ (... \) вместо (...) для группы захвата, либо добавить -E параметр для вызова sed , или вы получите сообщение об ошибке «недопустимая ссылка \ 1 в правой части команды` s '»(с GNU sed ) или« \ 1 не определено в RE »(с BSD sed ).