преобразование файла fasta в обычный текст
Я не уверен, что вы пытаетесь сделать, но в вашем скрипте есть, по крайней мере, одна очевидная ошибка. У вас
ssh "$(cat); …"$IFERROR"" | …
Фрагмент $IFERROR не заключен в кавычки, он расширен локальной оболочкой, чтобы построить выполняемую команду SSH. Вы хотите выполнить echo "$IFERROR" на удаленной стороне, поэтому вам нужно заключить $ в кавычки, чтобы предотвратить его локальное расширение:
typeset -f | sshpass -e ssh -o StrictHostKeyChecking=no user@${IPADDRESS} "
$(cat);
IFERROR=$(checkscript);
echo \"\$IFERROR\"" > ${SSHTEMPFILE} 2>&1
Команда checkscript также выполняется локально. Если вы хотели, чтобы она выполнялась удаленно, измените IFERROR=$(checkscript) на IFERROR=\$(checkscript).
Вам не нужно хранить вывод checkscript в переменной. Можно, но это усложнит вашу жизнь без всякой пользы. Просто получите его вывод напрямую.
typeset -f |
sshpass -e ssh -o StrictHostKeyChecking=no user@${IPADDRESS} "$(cat); checkscript" > ${SSHTEMPFILE} 2>&1
El formato de archivo fasta ya es un formato de texto sin formato. Lo que desea hacer es convertir su archivo fasta en un archivo que contenga solo la secuencia de ADN.
Para eliminar todas las líneas de encabezado de un archivo fasta, simplemente elimine las líneas que comienzan con>:
grep -v '^>' fastafile >newfile
Es posible que desee echar un vistazo a el sitio de StackExchange Bioinformatics .
El comando grep -velimina las líneas que coinciden con la expresión regular dada. La expresión regular ^>coincide con las líneas que comienzan con el carácter >.
Consulte el final de mi respuesta a una de sus preguntas anteriores sobre cómo revertir, complementar y/o revertir -complementar un archivo que contiene solo una secuencia de ADN.