3
ответа
Bash - Фильтрация строк с определенной долей занятых столбцов
Итак, у меня есть большое количество файлов, каждый из которых имеет 8 столбцов и множество строк. Вот голова от одного из них для примера. ID Ct 1 2 3 4 5 ...
24.01.2020
3
ответа
Как заменить строки в заданном столбце таблицы с помощью awk и regex?
Я изучаю биоинформатику, но у меня нет большого опыта работы с awk, и теперь я застрял. У меня есть таблица с 13 столбцами. В столбце 9 у меня есть много вариантов строк, таких как ELL1-XXXXXXXXX (например, ...
26.12.2019
3
ответа
Мне нужно напечатать вторую строку для каждого запроса в другом файле
Я хочу извлечь идентификаторы совпадений и отсутствия совпадений из результатов моего взрыва. например, мой взрывной вывод содержит: > Query= TRINITY_DN109574_c0_g1_i1 Length=277
***** Хиты не найдены *****
Lambda K ...
27.10.2019
3
ответа
Попытка написать сценарий для поиска ORF из 6 разных кадров
Итак, в основном, у вас есть последовательность, скажем, AAAGCATATGCTAGCCCGTATAGCGATACTAGCTATACGATATATATGATCAATGCCCGTATAG. Вам нужно найти все ORF в последовательности, ORF это любая область, начинающаяся с ATG...
14.10.2019
3
ответа
Как создать массив подстрок
Допустим, у меня есть переменная, последовательность, которая является строкой. > sequence="AAAGCATATGCTAGCCCGTATAGCGATACTAGCTATACGATATATATGATCAATGCCCGTATAG" Я хочу создать массив, скажем, seq, в котором каждый элемент представляет собой 3...
14.10.2019
3
ответа
Как сравнить столбцы 2 и 3 файла 1 и столбцы 4 и 5 файла 2
У меня есть файл 1 с разделителями табуляцией: NC_025345 4569 4950 KX838946.2 NC_025345 16546 17066 KJ641660. 1 NC_025345 11996 12085 KX932454.2 И файл 2: NC_025345.1 ...
13.09.2019
3
ответа
регулярное выражение из двух файлов
У меня есть два файла, состоящих из блоков по 4 строки, начинающихся с @. Они совпадают и по порядку. Файлы слишком большие (> 10 ГБ), поэтому я помещаю сюда первые 3 блока каждого (12 строк). 1-й: ...
30.08.2019
3
ответа
Подсчет столбцов в файле с табличным форматом
У меня есть файл с табличным форматом, который выглядит примерно так: abc00000000 1 643301 643374 Ile AAT 0 0 80.6 abc00000000 2 1278112 1278193 Ser GCT 0 0 86.2 abc00000000 ...
29.07.2019
3
ответа
Преобразование циклов for в сценарии, который вызывается другим сценарием, в параллельные команды GNU.
В настоящее время у меня есть следующий сценарий для использования программы HaploTypeCaller в моей системе Unix в созданной мной воспроизводимой среде: #!/bin/bash
#параллельный вызов SNP с хромосомами по GATK
for i in ...
12.07.2019
3
ответа
Исправление заголовки файлов биоинформатики phylip, чтобы точно отражать обновленное количество образцов в файле (ах)
. У меня есть набор данных, с которым я работаю, состоящий из файлов phylip, которые я редактировал. Формат Phylip - это биоинформатический формат, который содержит в качестве заголовка количество образцов и последовательность ...
16.05.2019
3
ответа
извлечение информации из столбца [закрыто]
У меня есть файл, который выглядит так: chr1 HAVANA exon 12613 12721 . + . ген_ид "ENSG00000223972.5"; транскрипт_id "ENST00000456328.2"; ген_тип "транскрибированный_необработанный_псевдоген";...
11.09.2018
3
ответа
Линейное сравнение двух файлов, и если образец файла 1 не найден (полностью или частично) в файле 2, то напечатайте строку файла 1
У меня есть два файла: file1 (поиск): 1 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGTGATTTTTTGATGATGATGACGACGACTGACTGACGACGACGACTGACTGACGACGACTGACTGACGACGACCC ...
12.03.2018
3
ответа
способ выбрать строки то шоу изменения
У меня есть огромный файл, который содержит 80 геномов и пять хромосом. Я задавался вопросом, существует простой способ выбрать только строки из ОДНОЙ хромосомы (например, 1), но только при показе положения...
06.10.2017
3
ответа
Перестановка строк в числовом порядке
У меня есть несколько таких текстовых файлов:> nexus0013_Pseudomonas_59M
...
11.08.2017
3
ответа
Удалить кусок строк в соответствии с серийными номерами
Я работаю с файлами fastq из данных секвенирования следующего поколения, которые организованы следующим образом: Строка 1 информация о машине для секвенирования, полоса, "плитки" и номер чтения Строка 2 ...
17.06.2017
3
ответа
объединение двух файлов по общему столбцу
У меня есть 2 файла. Файл1: chr19 4124051 4124250 1
chrX 154458151 154458200 2
chr22 37019451 37019600 3
chr15 74995401 74995550 4
chr12 128823901 128824100 5 и Файл2 ...
07.06.2017
3
ответа
Поиск различных возможных комбинаций
Файл A содержит ряды генов: A,B,C,D,E P,Q,R G,D,V,K L,Q,X,I,U,G и так далее. Рассматривая каждый ряд по очереди, как можно получить следующий вид вывода: Для первого ряда: A,B,C B,C,D ...
30.05.2017
3
ответа
Возьмите первые 10 символов строк в файле fastq
Я пытаюсь выбрать из файла fastq только первые 10 нуклеотидов чтения: Вход: @RONSP: 03887: 07268
...
24.02.2017
3
ответа
Преобразование матрицы с размерностью (nxn) в матрицу с комбинацией строка*столбец
Думаю, это будет более наглядным примером. У меня есть такая структура матрицы (файла): Файл1
____ snp1 snp2 snp3 snp4
snp1 1 0.3 0.4 0.5
snp2 0.3 1 0.4 0.5
snp3 0.4 0.4 ...
08.08.2016
3
ответа
соответствуйте всего одной строке в двух файлах и возвратите целый столбец из файла 2
Если у меня есть два файла file1: Исходное положение 905894 1197693 3703749 92108275 114940633 114 940 633 file2: Отображение Ссылочной Связи Аллели Длины Типа Исходного положения количество Zygosity...
09.09.2014
2
ответа
как вывести имя файла и общее количество последовательностей fasta?
У меня есть файл fasta, а именно test.fasta, pas.fasta, cel.fasta, как показано ниже. тест.фаста >плитка АТГТС >259 ТГАТ пас.фаста >та АТГКТ чел.фаста >787 ТГТАГ >йог ТГТАТ >
05.09.2021
2
ответа
Как игнорировать часть имени файла
Извините, если этот вопрос уже задавали. Я новичок во всем этом. Я хотел бы объединить все файлы из разных папок, которые содержат R1 в определенной позиции в своих именах файлов. Мой...
30.06.2021
2
ответа
Сравните две последовательности ДНК
У меня есть две последовательности ДНК: ATGCATGC и TACGTTGC. Я хочу написать программу, которая дает «+», если при сравнении A выравнивается с T и G с C, иначе печатает «-» Нравится АТГКАТГК TACGTTGC ++++...
10.04.2021
2
ответа
Я хотел бы получить имена целых заголовков, присутствующих в другом файле fasta
У меня есть такой фаст-файл :>TRINITY _DN100 _c0 _g1 _i1 len=242 path=[0 :0 -241]...
07.04.2021
2
ответа
Запустите серию команд для нескольких файлов
У меня есть следующие файлы :ФК _014 _6361.bam ФК _014 _6462.бам FC _014 _6183.bam В настоящее время я запускаю следующие команды отдельно для каждого файла. Например, для FC _014 _6361.bam команды :$...
25.01.2021
2
ответа
сохранить строки с наибольшим диапазоном
У меня есть файл (fileA ), который выглядит так :>ENST00000614578.1 ген=WASP12 CDS=1 -526 >ENST00000581055.1 ген=PTP2 CDS=138 -579 >ENST00000577541.1 ген=PTP2 CDS=1 -81 >ENST00000423485.5 ген=...
18.01.2021
2
ответа
Как использовать awk для сжатия столбцов по столбцу ID?
У меня есть код, который я обычно запускаю в R, но файл слишком большой, поэтому я пытаюсь запустить те же команды в awk. Я пытаюсь сгруппировать значения в столбцах по столбцу ID (или столбцу Gene в моем случае ). Мои данные...
03.12.2020
2
ответа
Как отобразить разницу между двумя последовательностями ДНК с помощью инструментов командной строки
У меня следующая проблема :Мой техпаспорт выглядит так АААГГГТТ АААГГГ AAAGGGCCC GGGCCC, и я хочу отобразить разницу между двумя последовательностями в третьей строке, как это ААААГГТТТ...
04.08.2020
2
ответа
Как добавить строку из имени файла, вставить ее в столбец и изменить?
Я создаю 22 файла с помощью следующей команды: user@host$ awk '{ print $1, $3, $4, $5 }' chr22.gen > snps22
user@host$ awk '{ print $1, $3, $4, $5}' chr21.gen > snps21
...
user@host$ awk '...
28.04.2020
2
ответа
Как использовать awk для извлечения необходимых столбцов и создания нового файла?
У меня есть файлы gtf более чем в 100 каталогах. Ниже я показываю, как они выглядят. ОбразецА | ___________ОбразецA.GRCh38.gtf ОбразецB | ___________SampleB.GRCh38.gtf Здесь я показываю только два gtf...
12.03.2020