Как использовать awk для извлечения необходимых столбцов и создания нового файла?
В GRUB можно было просто добавить параметр загрузки
systemd.unit=graphical.target
или
systemd.unit=multi-user.target
, чтобы переопределить неправильно сконфигурированную цель по умолчанию и явно загрузиться в режиме GUI или CLI, а затем использовать systemctl set-default graphical.target, чтобы восстановить нормальную цель по умолчанию.
Вам нужно будет извлечь соответствующие записи из каждого файла и записать результат в два новых временных файла (, возможно, используя awk), возможно, отсортировав их (с помощьюsort)одновременно (файлы примеров говорят, что они отсортированы, но, возможно, не по правильному ключу ). Вот пример обработки одного из файлов:
awk '$3 == "transcript" {printf("%s %s %s ", $3, $10, $12, $18);}' SampleA.GRCh38.gtf | sort -k 2 > tf1
Затем вы можете использовать joinдля объединения двух временных/промежуточных файлов, сгенерированных awk, чтобы каждая запись содержала два последних столбца из каждого файла.
Вот пример команды join, которую вы можете использовать:
join -o 1.1,1.2,1.3,2.3 -1 2 -2 2 tf1 tf2
Вы можете распечатать строку заголовка (, например. используя команду printf)перед запуском join, и вы можете заменить пробелы в выводе joinтабуляцией (, например. используя sed), или используйте другой скрипт awkдля форматирования вывода.
Из этих примеров вы сможете составить сценарий, который будет обрабатывать оба файла и создавать желаемый результат (, очищать временные файлы и т. д. ).
Обратите внимание, что в зависимости от размера файлов данных вы даже можете сделать все в одномawk(или pythonили perlи т.д. )программа (т.е. из обоих файлов легко удерживаться в памяти одновременно ).
Попытка выполнить команду «Ниже»
Шаг 1
awk '$3 ~ /transcript/{print $0}' file1|awk '{print $3,substr($12,2,12),substr($NF,2,8)}' > out1
ШАГ 2
awk '$3 == "transcript" {print substr($NF,2,8)}' file2 > out2
ЭТАП 3
paste out out1.txt | awk 'BEGIN{print "Type transcript_id SampleA SampleB"}{print $0}'
Output
Type transcript_id SampleA SampleB
transcript MSTRG.7542.2 0.000000 1.000000
transcript MSTRG.7542.6 0.000000 3.000000
transcript MSTRG.7542.5 0.000000 0.000000