Как отобразить разницу между двумя последовательностями ДНК с помощью инструментов командной строки
Пакет DHCP Discover включает идентификатор клиента (в стиле RFC 4361 -, параметр 61, также известный как DUID )с номером предприятия systemd(43793 ). Это связано с тем, что ваш файл /etc/systemd/network/dhcp.networkне содержит настроек ClientIdentifierи DUIDType; по умолчанию ClientIdentifier=duidи DUIDType=vendor.
Установка по умолчанию DUIDType=vendorзаставляет systemd-networkdгенерировать DUID с использованием упомянутого выше -номера предприятия и хэшированного содержимого /etc/machine-id. machine-idдолжен генерироваться при первой загрузке системы, а затем оставаться неизменным в течение всего срока службы системы (или, по крайней мере, в течение срока службы установки ОС ).
Если ваша встроенная система не настроена на постоянное хранение этого machine-id, он будет генерироваться случайным образом при каждой загрузке... что приведет к поведению, которое вы видите.
Если вам не нужно, чтобы ваша система использовала идентификаторы DUID, совместимые с IPv6 -, проще всего было бы указать, что эта система должна использовать свой MAC-адрес в качестве идентификатора DHCP-клиента. Этого можно добиться, добавив это в ваш файл dhcp.network:
[DHCP]
ClientIdentifier=mac
Если вы также используете DHCPv6 и/или вам необходимо идентифицировать клиентов DHCP с помощью идентификатора, характерного для системы, а не для ее конкретной сетевой карты, вам следует прочитать документацию для systemd. файлы конфигурации сети и найдите комбинацию настроек, которая соответствует вашим потребностям.
Это то, что вам нужно?
awk '{$3=$1;sub($2,"",$3)}1' file
$3=$1копирует 1-е поле в 3-е поле иsub($2,"",$3)ищет второе поле в третьем поле. Если есть совпадение,subзаменяет совпадающую строку нулевой строкой в 3-м поле.1в конце выводит результат. Это эквивалентно оператору{print}, поэтому вы можете переписать его как{$3=$1;sub($2,"",$3);print}.
Результат:
AAAGGGTTT AAAGGG TTT
AAAGGGCCC GGGCCC AAA
Если вам нужно отобразить парные выравнивания последовательностей, используйте соответствующие инструменты биоинформатики. Выравнивание последовательности покажет различия в форматах, ожидаемых типичными пользователями. Здесь для попарного выравнивания нуклеотидной последовательности можно использовать, например, blastnиз BLAST tools (, который можно установить, например, с помощью conda), см. эту команду из темы:https://www.biostars.org/p/18087/#18095:
blastn -query querySeqSet.fasta -subject targetSeqSet.fasta