Вопросы Теги

Исправление заголовки файлов биоинформатики phylip, чтобы точно отражать обновленное количество образцов в файле (ах)

Вы можете посмотреть отчет об анализе ABI ядра Linux здесь:

enter image description here

3
16.05.2019, 04:22
3 ответа

Если я правильно понял ваше требование, вы можете использовать следующую команду awk:

awk -v samples="$(($(grep -c. input)-1))" 'NR == 1 { $1=samples }1' input

samplesбудет установлено на количество строк в файле inputминус одна (, так как вы не считаете строку заголовка ).

Затем

awkизменит первый столбец первой строки на новый номер образца и напечатает все. 

$ cat input
5 10
sample_1 gaatatccga
sample_2 gaatatccga
sample_3 gaatatccga
$ awk -v samples="$(($(grep -c. input)-1))" 'NR == 1 { $1=samples }1' input
3 10
sample_1 gaatatccga
sample_2 gaatatccga
sample_3 gaatatccga

С помощью GNU awk вы можете использовать флаг -iдля изменения файлов на месте, но я бы предпочел создать второй набор измененных файлов, чтобы гарантировать, что были внесены правильные изменения.

Что-то вроде:

for file in *.phy; do
    awk -v samples="$(($(grep -c. "$file")-1))" 'NR == 1 { $1=samples }1' "$file" > "${file}.new"
done
3
27.01.2020, 21:12

Другим вариантом было бы использование ed(, конечно!):

for f in input*
do 
  printf '1s/[[:digit:]][[:digit:]]*/%d\nw\nq' $(( $(wc -l < "$f") - 1 )) | ed -s "$f"
done

Это перебирает файлы (с именами, напримерinput-something )и отправляет простой скрипт ed -вed:

  • в строке 1, найдите и замените(s//)одну или несколько цифр в начале строки другим числом --, это число замены является результатом вычисления длины строки ввода минус один
  • после этого wзапишите файл и
  • затем qвыход
3
27.01.2020, 21:12

В Vim запустите:

:execute '1s/^[0-9]\+/'. (line('$')-1). '/'

(Спасибо также этому ответу за то, что он указал мне правильное направление.)

Вы также можете сделать это в цикле, например. используя :bufdoили просто цикл оболочки for.

1
27.01.2020, 21:12

Теги

Похожие вопросы