регулярное выражение из двух файлов

#!/usr/bin/perl

use strict;

my $f1 = shift;
my $f2 = shift;

open(F1,"<",$f1) || die "couldn't open '$f1' for read: $!\n";
open(F2,"<",$f2) || die "couldn't open '$f2' for read: $!\n";

# set the input record separator (IRS) to '@'
$/='@';

# Normally the IRS is found at the END of a record, but your input
# files START with the input record separator, so we need to throw
# away the first (bogus) input record (i.e. everything from the start
# of the files to the first @ characters in them. in other words, the
# first @ characters in both files.)
my $junk = <F1>;
$junk = <F2>;

while (!eof(F1) && !eof(F2)) {
  my @record1 = split(/\n/, <F1>);
  my @record2 = split(/\n/, <F2>);

  printf "%s%s\n", $/, $record1[0];  # prepend the IRS
  printf "%s%s\n", substr($record2[1],0,4), $record1[1];
  printf "%s\n",   $record2[2];
  printf "%s%s\n", $record2[3], $record1[3];
};

close(F1);
close(F2);

Это открывает оба файла для чтения и устанавливает переменную разделителя входных записей Perl $/в символ @.

Затем, пока оба файла не достигли EOF, он считывает запись из каждого файла, разбивая записи на массивы (с использованием новой строки \nв качестве разделителя ), а затем выводит объединенные записи, как указано.

Обратите внимание, что массивы perl начинаются с 0, а не с 1 -, поэтому, например, $record1[0]— это первая строка записи из файла1.

Сохраните скрипт в файл (, например. hassan.pl), сделайте его исполняемым с помощью chmod +x hassan.plи запустите, как показано ниже:

Пример вывода:

$./hassan.pl file1.txt file2.txt  
@NB551168:120:HTKN2BGX5:1:11101:3598:1051 2:N:0:NATC
NATCCAATCTCTAAAGTTT
+
#EEEAA/A/EEEE///EEE
@NB551168:120:HTKN2BGX5:1:11101:24202:1051 2:N:0:NTCG
NTCGTGAGACCGGGTGTTG
+
#EEEAAAAAAEEE///<AA
@NB551168:120:HTKN2BGX5:1:11101:4381:1051 2:N:0:NCTT
NCTTGCTACTCCTAAGGCA
+
#EEAA////6/////EE//

(Я проверил с помощью diff, что этот вывод точно соответствует желаемому результату ).

Я выразил это другими словами :За исключением строки +и строки, начинающейся с @, вставьте строки Iперед строками R.

Если вы понимаете, почему, все становится очень просто:

sed '/^[@+]/s/.*//' I|paste -d '' - R

• /^[@+]/выбирает строки, начинающиеся с +или @
.
• s/.*//очищает эти строки
• paste -d '' - Rвставил результат(-для конвейерного ввода )без разделителя(-d '')в файл R.

Если у вас есть доступ к Gnu sed, вы можете сделать это:

$ sed -e 'R I' R | sed -ne 'p;n;n;h;n;G;s/\n//p'