С помощью perl
с использованием хэша и модуля DateTime ::Format ::Duration с подстановкой регулярных выражений для упорядочения наносекунд:
perl -MDateTime::Format::Duration -ane '
BEGIN {
$p = DateTime::Format::Duration->new(pattern => "%e-%H:%M:%S.%N");
}
$F[1] =~ s/\d+(\.\d+)?$/sprintf "%02.9f", $&/e;
$h{$F[0]} = $h{$F[0]} ? $dt->add_duration($h{$F[0]}) : $dt if $dt = $p->parse_duration($F[1]);
END {
$p = DateTime::Format::Duration->new(pattern => "%e-%H:%M:%S.%3N", normalize => 1);
for $k (sort keys %h) {printf "%s %s\n", $k, $p->format_duration($h{$k})}
}
' file
aaa 1-21:27:26.255
bbb 5-11:15:04.433