Лучшая файловая система субъективна. Так как Вы не указали свои потребности, я предложил бы использовать EXT4
. Это имеет лучшую скорость и файлы поддержки с размерами до 16 ТБ.
Посмотрите, что другая файловая система (системы) Вы используете ATM.
Попытайтесь сохранить это простым - по всей вероятности Вы выполняете ext3/4, просто придерживаетесь его.