Обновленный от CentOS 6.4-> 6.5 и теперь полномочия, кажется, не работают правильно?

Знайте, что текущие флаги ИСПОЛЬЗОВАНИЯ и другая конфигурация определили в /etc/make.conf возможно, изменился, так как пакет был установлен. Более надежный способ проверить конфигурацию и опции компиляции состоит в том, чтобы проверить var/db/pkg.

Пример для апачских 2.2.22:

$ cat /var/db/pkg/www-servers/apache-2.2.22-r1/CFLAGS
-mtune=native -O2 -pipe -g