Я пробовал использовать приведенную ниже команду sed, и она работала нормально
Command: sed '/Version/{n;s/~/=/g}' filename
и
n_linux_example ~]# sed '/Version/{n;s/~/=/g}' filename
Version 0.5.1
=============
Released: 2019-01-03
* This is a test with a ~ tilde ~~~~
* Second line
[root@praveen_linux_example ~]#