Сначала установите эти три инструмента, apt-get install kali-linux kali-linux-wireless kali-linux-top10
Теперь внесите изменения в образ, docker commit
Найти идентификатор изображения вновь созданного образа докера, docker images
Время магии, docker run -it --net="host" --privileged
Источник:Запуск Airmon -нг с ВМ без внешней «беспроводной USB-карты»
Переустановка рабочего стола должна вернуть большую часть пути к полностью работающей системе.:
sudo apt install ubuntu-desktop
После этого просмотрите список удаленных пакетов в журналах в /var/log/apt
и установите все недостающие пакеты, которые вам еще нужны.
(Чтобы ответить на вопрос в заголовке, да, удаление Python 3 во многом ломает Ubuntu. Не удаляйте пакеты Python.)