Конфигурация установки Apache не может найти PCRE? (pcre-конфигурация для libpcre, не найденного)

Существует ли способ скопировать, ssh, и выполнить команду на удаленной машине с одним паролем?

Существует два пути, варьирующиеся по их удобству и компромиссам.

Нужно передать встроенный файл. Вы должны ввести кроме содержания файла? В противном случае ssh example.com 'cat > the_file ; process the_file' < the_file сделает то, что Вы хотите.

Другой должен сделать что-то, что это снова использует соединение SSH. ControlMaster и друзья для ssh могли бы помочь - посмотрите ssh_config(1) для получения дополнительной информации или существуют различные обертки или реализации SSH для различных языков программирования та справка.

Также, как записать сценарии, которые должны взаимодействовать с пользователем для ввода паролей?

Считайте его из TTY. Обычно лучшая стратегия состоит в том, чтобы позволить ssh взаимодействовать непосредственно с пользователем и не мешать, потому что этому протестировали намного лучшее и проверило реализацию взаимодействия таким образом.

Я не хочу использовать чтение, поскольку это не безопасно.

Для взаимодействия с пользователем я предполагаю. Это существенно не отличается в безопасности от просто разрешения SSH спросить, на самом деле, но это идеально, чтобы просто остаться вне пути.

Я не хочу использовать ssh без пароля, так как мой файл секретных ключей может быть поставлен под угрозу, который еще хуже.

... и я предполагаю, что агент SSH не приемлем ни один приблизительно по той же причине.