После перезагрузки файлы утеряны и старые версии восстановлены !? Ext4

удалите -x из /etc/sysconfig/ntp, если он есть. Таким образом, чтобы:

NTPD_OPTIONS="-x -g -u ntp:ntp"

становится:

NTPD_OPTIONS="-g -u ntp:ntp"

Измените следующее на no в том же файле:

NTPD_FORCE_SYNC_ON_STARTUP="yes"

также установите в качестве параметра first в /etc/ntp.conf

tinker panic 0

stop your ntp.

echo 0 > /var/lib/ntp/drift/ntp.drift

Запустите ntp.