Файлы, которые необходимо обновить в /etc/pam.d/ для поддержки nss-pam-ldapd для SSH

Как я понимаю, обновление шаг за шагом является наиболее поддерживаемым способом.

Обновление - это не только замена старых файлов на новые, оно также может содержать преобразование старой конфигурации в новую (сценарий установки в rpm может делать много вещей). Этот процесс обновления протестирован для некоторых популярных сценариев обновления и может зависеть от основных компонентов системы (glibc binutils ...). Возможны неявные зависимости от версии. Пошаговое непрерывное обновление является наиболее поддерживаемым и безопасным.

По крайней мере, лучше обновлять программы управления пакетами (rpm yum dnf) и важные компоненты, такие как binutils ...

UPD.
, игры и другие ... не системные приложения (LibreOffice, geogebra, *cad, огромные IDE как Eclipse, ....) безопасно исключить из обновления перед обновлением. Эти приложения определенно не участвуют в процессе обновления и потенциальные проблемы с обновлением этих приложений могут быть решены последними вручную.