Awk, автоматически адаптирующийся к любому заголовку:
awk '( FNR == 1) {header=$0;print $0;}
( FNR > 1) && ($0 != header) { print $0;}' file1 file2 ....
т.е. на первой строке получить заголовок и вывести его, а последующие строки, ОТЛИЧАЮЩИЕСЯ от этого заголовка, вывести.
FNR = Количество записей в текущем файле, так что вы можете иметь несколько файлов, и он будет делать то же самое в каждом из них.
Лично я уже сталкивался с этим несколько раз, когда обновлял некоторые пакеты, после чего сервер отключался, поэтому данные на диске были неполными. Вы можете попробовать восстановить rpmdb:
rpm --rebuilddb
Если у вас установлено два пакета даже после перестроения базы данных rpm, вы можете попробовать просто удалить оба пакета, а затем переустановить нужный.