Хорошим инструментом для визуализации бинарных дампов является BinID. (Он только для windows, но должен работать в VM или wine.)
При выборе подходящей ширины линии все "блоки" данных должны быть хорошо видны.
Также должно быть возможно написать собственный инструмент, подобный этому, который вы можете адаптировать под свои нужды. - Поскольку ваш дамп не совсем неизвестен, и вы знаете довольно много вещей о размерах блоков и прочем, вам, вероятно, стоит попробовать написать специализированный инструмент вроде этого.