Это определенно похоже на проблему, которая была у меня с XClock некоторое время назад:
Подтяжка лица XClock при использовании Xrender: Долгая и извилистая дорога
Чтение очень хорошего ответа Древ Слоана, скорее всего, даст вам больше информации о внутреннем устройстве .Xresources
. Понимая их, вы удивитесь, узнав об их реальной сложности, которая не откроется вам на первый взгляд.