mvлибо берет один файл и перемещает или переименовывает его, либо берет несколько файлов или каталогов и перемещает их в каталог. Вы не можете переименовать несколько файлов с помощью mv.

Вместо этого:

for name in *.*.fasta.gz; do
    newname=${name%.fasta.gz}         # remove filename suffix
    newname=${newname//./_}.fasta.gz  # replace dots with underscores and add suffix

    mv -i -- "$name" "$newname"
done

Это приведет к перебору всех ваших сжатых файлов fasta в текущем каталоге, содержащих хотя бы одну точку в другом месте имени, кроме суффикса имени файла. Это удалит известный суффикс имени файла (, в котором точки не должны заменяться символами подчеркивания ), а затем заменит все точки символами подчеркивания в оставшемся бите и re -прикрепит суффикс.

Окончательная замена будет работать в оболочке bash, но, возможно, не будет работать в оболочке /bin/sh.

mv -iиспользуется для переименования файла (запросит подтверждение, если новое имя уже существует ). Двойное тире(--)используется только в том случае, если какое-либо из имен начинается с тире (, они потенциально могут быть восприняты как наборы опций для mv, а двойное тире предотвращает это ).

Если у вас perl-renameустановлен (с именем renameв Debian, Ubuntu и других производных от Debian -системах ), вы можете:

rename -n 's/\./_/g; s/_fastq_gz/.fastq.gz/' *fastq.gz

Это сначала заменит все .на _, а затем заменит окончательный _fastq_gzна .fastq.gz.

-nзаставляет его печатать только изменения, которые он должен был бы сделать, без фактического переименования файлов. Как только вы убедитесь, что это делает то, что вы хотите, удалите -n, чтобы фактически переименовать их:

rename  's/\./_/g; s/_fastq_gz/.fastq.gz/' *fastq.gz

Почему не работает

*расширяется оболочкой перед запуском команды. Он соответствует существующим файлам. mvне имеет возможности сопоставления с образцом.

Решения

• Использовать перл-переименование Ларри Уолла :см.https://unix.stackexchange.com/a/533925/4778
• Использовать ммв

mmv

Эта команда работает примерно так, как вы пытаетесь это сделать. Он не такой мощный, как rename, но проще.

напр.mmv '*.assembled.*.fastq.gz' '#1_assembled_#2fastq.gz'