Как я могу сказать, уважаем ли сторонний репозиторий?

Нет действительно никаких преимуществ для этого расположения кроме него являющийся легким предположить, где совместно использовано, и конфигурационные файлы для приложения. UNIX имеет длинное наследие этого вида расположения, и повреждаться это было бы довольно трудно. Однако некоторые дистрибутивы UNIX изменили свою модель - они только обеспечивают старые местоположения для целей прежней версии, и другие приложения связываются в ее собственный небольшой каталог/пакет. Mac OS X является самым видным примером этого, и существует несколько неясных дистрибутивов Linux, которые делают то же самое (и Android делает что-то подобное, только берет его немного далее и устанавливает и запускает каждое приложение под его собственным идентификатором пользователя также).

Главное, которое предоставляет конвенция файловой системы, состоит просто в том, что - конвенция, так, чтобы люди знали, где искать файлы (быть этим вручную или в коде). Нет никакой реальной технической причины его, чтобы быть одним путем по другому.