устройство не в рабочем состоянии / попробуйте создать pv из lv

Мой предпочтительный подход к этому был бы примерно таким:

for SAM_FILE in *.sam; do
    samtools view -Sb "$SAM_FILE" > "${SAM_FILE/sam/bam}"
done

Который можно превратить в один вкладыш, например

for SAM_FILE in *.sam; do samtools view -Sb "$SAM_FILE" > "${SAM_FILE/sam/bam}"; done

При этом используется расширение параметра для изменения расширения выходного файла. :https://wiki.bash-hackers.org/syntax/pe

По моему мнению, этот стиль дает понять, что вы пытаетесь сделать, если позже вы или кто-то другой наткнетесь на ваши сценарии.