Как отменить права доступа к /etc? Вся система перестала работать

Вы используете экранирование кавычек и обратной косой черты -. Использование только цитирования будет работать нормально.

Этого должно быть достаточно:

TEMP_DIR="$HOME/Documents/temp dir/dir with spaces"
COMMAND="rm -r $TEMP_DIR/*"
echo "Command: $COMMAND"
rm -r "$TEMP_DIR"/*

В этом случае и обратная косая черта, и кавычки должны обрабатываться оболочкой, чтобы предотвратить разделение имени каталога. Когда вы используете оба, оболочка сохранила как пробелы , так и обратную косую черту внутри кавычек, поэтому rmфактически получает .../temp\ dir/dir\ with\ spaces/...в аргументах, где вместо этого должно было быть .../temp dir/dir with spaces/....

Когда вы копируете напечатанную команду, оболочка видит обратную косую черту без дополнительных кавычек, поэтому она сохраняет пробелы, защищенные обратной косой чертой, и удаляет обратную косую черту, поэтому rmполучает .../temp dir/dir with spaces/...в аргументах.