Чоун молча терпит неудачу

Думаю, мне удалось решить вашу проблему с помощью следующего сценария bash:

#!/usr/bin/env bash

sfile=/path/to/start
efile=/path/to/end
ofile=/path/to/out
n=0

while read -r line; do
    ((n++))
    if [[ $line == 'INVALID' ]]; then
        echo "INVALID"
        continue
    fi
    start=$(date -u -d "$line" "+%s")
    end=$(date -u -d "$(sed -n "${n}p" "$efile")" "+%s")
    date -u -d "0 $end sec - $start sec" +"%H:%M:%S"
done<"$sfile" >"$ofile"

Каждая строка начального файла будет прочитана и сравнена с соответствующей строкой в ​​конечном файле. Если строка содержит «INVALID», она выдаст «INVALID» и перейдет к следующей итерации цикла.