проверьте с помощью устройства nmcli wifi, есть ли активное соединение

Поведение, которое вы испытываете, связано не с разрешениями или расположением двоичного файла, а с пользователем, выполняющим его. Укажите переменную среды JHBUILD_RUN_AS_ROOTс любым значением, например. env JHBUILD_RUN_AS_ROOT= jhbuild..., чтобы иметь возможность запускать jhbuildот имени пользователя root.

Это довольно недокументированная функция, я уверен, что однажды предложил улучшить обратную связь с приложением, которая была проигнорирована; см.https://github.com/GNOME/jhbuild/blob/master/jhbuild/main.py#L97для понимания того, почему это должно работать.