Как я делаю окно гнома только доступным на некоторых рабочих областях?

Bash (а также ksh, zsh, и даже пепел) отслеживает изменения каталога так, чтобы cd /foo/bar && cd .. всегда берет Вас к /foo даже если bar символьная ссылка. Передайте -P опция к cd проигнорировать отслеженное изменение и следовать за “физической” структурой каталогов:

cd -P ..

Посмотрите help cd или man builtins для документации о встроенном ударе cd. Если Вам действительно не нравится функция отслеживания каталога, можно выключить ее с set -P в ударе (set -o no_chase_link в zsh).