Как исключить несколько каталогов в ncdu при сканировании

Вы объединяете буквы флага в одну строку, поэтому с помощью myscript -l -rвы получаете FLAGS=lr, что не равно ни l, ни r.

Вы можете использовать сопоставление с образцом вместо проверки на равенство, чтобы справиться с этим:

if [[ $FLAGS = *r* ]]; then
    echo "flag -r was given"

или добавьте отдельные переменные для каждого флага:

r_flag=
l_flag=
while getopts "rluh" opt; do
    case $opt in
        r) r_flag=1;;
...
if [[ $r_flag ]]; then
    echo "flag -r was given"

В любом случае, вы, скорее всего, захотите shift $(( OPTIND - 1 ))после цикла while getopts, чтобы опции, обрабатываемые getopts, были удалены из позиционных параметров, а то, что осталось в $1, $2... аргументы скрипта, указанные после опций.