Всплывающее окно приложения xfce4 по-прежнему привязано к даже после удаления привязки клавиш

То, о чем вы просили, не является рекурсивной операцией, поэтому с ней можно справиться путем тривиальной адаптации исходного кода:

for f in */*.jpg */*.JPG; do echo "Converting $f"; convert "$f" "${f%.*}.pdf"; done

Если это для производственного кода, а не для быстрого -, я бы исключил возможность отсутствия файлов jpgили JPGили того, что PDF-файл уже был сгенерирован. Конечно, добавляйте или изменяйте на свое усмотрение:

for f in */*.jpg */*.JPG
do
    if [[ -f "$f" ]] && [[ ! -f "${f%.*}.pdf" ]]
    then
        echo "Converting $f"
        convert "$f" "${f%.*}.pdf"
    fi
done