Локальный хост использует обратный адрес 127.0.0.1
Судя по вашему ifconfig, этот IP-адрес не используется на этом сервере.
Попробуйте подключиться к этому IP-адресу по SSH и посмотреть, где он указан. Хотя, если это связано с какой-то странной маршрутизацией или балансировкой нагрузки, вам следует расширить свой вопрос, включив в него подробности этого
По крайней мере, есть возможность удалять закладки через gui в kile :Меню закладок предоставляет это действие так же, как и контекстное меню.