После учета всех ответов последний вопрос оказался в последней строке:
docker cp "$CONTAINER:/$FILE" backup-data/
Последняя строка должна была быть
docker cp "$CONTAINER:/$FILE" docker-projects/mysql/backup-data/
Спасибо всем за поддержку.
Для тех, кто также борется с этим, вместо
systemctl daemon-reload
systemctl restart docker
сделай это
systemctl daemon-reload
systemctl start limit-docker.slice
systemctl restart docker