Debian 9 - Невозможно использовать параметры -m conntrack --ctstate ESTABLISHED,RELATED

Вот скрипт bash, который просматривает каталоги в вашем вопросе:

#!/bin/bash

# cd to /rMDD
cd /rMDD || exit 1;
for dir in participant*; do
    echo mv "$dir"/{*structural*.nii,Struct/};
    echo mv "$dir"/{*functional*.nii,Funct/};
done;

Удалите ключевые слова echo, когда убедитесь, что они делают то, что вам нужно.