Раздел монтируется как доступный только для чтения после операций копирования, несмотря на исправные диски.

Начиная с (по крайней мере )Matlab 2017a, файл рабочего стола создается автоматически вusr/share/applications/(при условии, что вы устанавливаете Matlab сsudo).

Файл .desktopпо умолчанию содержит:

[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
Exec=matlab -desktop
Name=MATLAB
Icon=/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/matlab.png
Categories=Development;Math;Science
Comment=Scientific computing environment
StartupNotify=true
StartupWMClass=com-mathworks-util-PostVMInit

Как видите, поле Execсодержит matlab -desktop, как и предполагалось в комментариях.

(Обратите внимание, что значок также присутствует по умолчанию)