Файлы conf в каталоге асцибетически отсортированы, и каждый источник находится в порядке.
Нумерация является соглашением, обеспечивающим согласование всех методов сортировки и упрощающим вставку новых правил, когда дело доходит до размещения.
Не надо, не редактируйте файл limit.conf, так как это теперь ошибка -притягивающая, так как это просто плохая политика в целом (причины которой тогда были не столь очевидны ).