Если они находятся в вашем $PATH и являются исполняемым файлом, они будут отображаться вlxpanelctl run
То есть они работают для меня при запуске LXDE в Ubuntu 16.04
См. Использование переменных . Правильный синтаксис:
src: "/etc/puppet/warrepo/japp-{{ ver }}.war"