Python

Добавьте в файл с именем csv2tab.sh и сделайте его исполняемым

#!/usr/bin/env python
import csv, sys
csv.writer(sys.stdout, dialect='excel-tab').writerows(csv.reader(sys.stdin))

Тестовые прогоны

$ echo 'A,,C,"D,E,F","G",I,"K,L,M",Z' | ./csv2tab.sh                         
A       C   D,E,F   G   I   K,L,M   Z

$ ./csv2tab.sh < data.csv > data.tsv && head data.tsv                                                   
1A      C   D,E,F   G   I   K,L,M   Z
2A      C   D,E,F   G   I   K,L,M   Z
3A      C   D,E,F   G   I   K,L,M   Z