В чем смысл проекта Neon от KDE?

как насчет

  find . -type d -name run -exec mv {} /path/to/X \;

где

• / путь / к / X - это ваш целевой каталог
• , с которого вы начинаете с этого же места.
• затем используйте другой ответ, чтобы удалить пустые каталоги.

(на стороне примечания есть опция - junk-paths в zip-архиве, при архивировании или распаковке)