Ограничение размера tmpfs с помощью overlayroot

Для одной записи вы можете сделать что-то вроде этого:

awk '/species_1/{print;while (getline line){if(line !~/species/) print line; else break} }' input.txt                  
>species_1
?????????CACTTGGArGGTGGAGCCAAGAAGGTTATTATTTCTGCTCCCAGTGCTGACGCGCCCATGTACGTGGTC
TGTCAACCTCGATTCTTATGACCCATCTGCTAAGGTCATTTCGAATGCTTCCTGCACCACCAACTGCCTCGCTCCCCT

Для нескольких элементов вы можете сделать что-то вроде этого:

$ while IFS= read -r line                                                                                                
> do
>   awk -v spec="$line" '$0~spec{print;while (getline line){if(line !~/species/) print line; else break} }' input.txt    
> done < species.txt                                                                                                     
>species_1
?????????CACTTGGArGGTGGAGCCAAGAAGGTTATTATTTCTGCTCCCAGTGCTGACGCGCCCATGTACGTGGTC
TGTCAACCTCGATTCTTATGACCCATCTGCTAAGGTCATTTCGAATGCTTCCTGCACCACCAACTGCCTCGCTCCCCT

>species_3
CAAAGCCGTAGGCAAAGTCATTCCTGCTCTCAACGGTAAACTGACTGGCATGGCCTTCCGTGTTCCCGTTCCAAATGT
CGGTTGTGGATCTTACTGTTCGCyTGGGAAAACCAGCCTCTTATGACrCCATTAAACAGAAGGTCAAGGAGGCTGCTG

>species_5
GTTCCGCAAAGCTCAATGCCCTATTGTTGAGCGTCTGACCAATTCTCTCATGATGCATGGCCGCAACAACGGCAAGAA
TGATGGCAGTGCGAATTGTTAAGCATGCCTTTGAAATCATCCACCTTCTGACTGGAGAGAATCCTCTTCAAGTACTCG

Альтернативное решение с использованием двух файлов в качестве аргументов

Зная, что данные в примере OP всегда находятся через две строки после названия вида, мы можем загрузить названия видов в species.txt в массив, а затем использовать цикл for, чтобы прочитать строку дважды и вывести ее.

$ awk 'FNR==NR{species[$0]}; NR!=FNR{ sub(/>/,"");if ($0 in species){ print $0; for(i=0;i<=1;i++) {getline data;print data}  }}' species.txt input.txt
species_1
?????????CACTTGGArGGTGGAGCCAAGAAGGTTATTATTTCTGCTCCCAGTGCTGACGCGCCCATGTACGTGGTC
TGTCAACCTCGATTCTTATGACCCATCTGCTAAGGTCATTTCGAATGCTTCCTGCACCACCAACTGCCTCGCTCCCCT
species_3
CAAAGCCGTAGGCAAAGTCATTCCTGCTCTCAACGGTAAACTGACTGGCATGGCCTTCCGTGTTCCCGTTCCAAATGT
CGGTTGTGGATCTTACTGTTCGCyTGGGAAAACCAGCCTCTTATGACrCCATTAAACAGAAGGTCAAGGAGGCTGCTG
species_5
GTTCCGCAAAGCTCAATGCCCTATTGTTGAGCGTCTGACCAATTCTCTCATGATGCATGGCCGCAACAACGGCAAGAA
TGATGGCAGTGCGAATTGTTAAGCATGCCTTTGAAATCATCCACCTTCTGACTGGAGAGAATCCTCTTCAAGTACTCG