Если у вас всегда один и тот же формат строки, вы можете просто grep «abc». (или что угодно перед точкой, включая точку):
grep abc. file.txt
Если окно удаляется и создается заново, тогда оконный менеджер (gnome) теряет настройку. Это случается со мной с окнами чата pidgin, если я когда-либо их закрываю. Я не знаю, делает ли eclipse это при основных переходах состояний (редактирование-> сборка), но следите за изменением порядка вкладок gnome или за тем, чтобы окно полностью исчезло на мгновение.
Я бы очень хотел иметь возможность связывать такие настройки с именами окон, как ctwm.