Как я могу навсегда отключить папки приложений в меню GNOME?

Правильный способ сделать это - собрать свой собственный пакет CentOS. Похоже, что одно время существовал пакет для pymssql, но он был заброшен из-за отсутствия сопровождающих, но вы можете использовать файл спецификации в git-репо Fedora в качестве отправной точки:

http://pkgs.fedoraproject.org/cgit/rpms/pymssql.git/tree/pymssql.spec