Каково значение группы «колесо»? [дубликат]

Из справки bash по select:

select: select NAME [in WORDS ... ;] do COMMANDS; done
...
КОМАНДЫ выполняются после каждого выбора, пока не будет выполнена команда break

Команда break, которая у вас там есть, breaking case, а не select. Вам нужно поставить break вне блока case.

Например:

echo "Do u want to check application logs ???"
select opt in Yes No
do
    case $opt in
    "Yes")
        commmands
        ;;
    esac
    break
done

Также, поскольку этот case имеет только одно действие, вы могли бы использовать if, но я оставлю это на ваше усмотрение.