du -sh *, скрыть каталоги с 0 использованием

Вы не можете. Однако для этого вы можете использовать различные приемы, например, создание файла в какой-либо папке каждый раз, когда пользователь входит в систему, или добавление строки в какой-либо файл каждый раз, когда пользователь входит в систему. Это было бы легко реализовать, но неэффективно в длинный пробег. Гораздо более эффективной операцией было бы запись числа в файл и его изменение. Однако вы должны быть уверены, что файл структурирован так, как вы хотите, и что номер находится там, где вы ожидаете. Поскольку это взломы, они не идеальны (злоумышленник может их изменить), но их может хватить для решения вашей проблемы.

Вы можете подсчитывать строки с помощью wc -l