Это работает на меня; это подкачивает Caps Lock и оставленные Клавиши CTRL.
#!/bin/sh
xmodmap - <<EOF
remove Lock = Caps_Lock
remove Control = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock = Control_L
add Control = Control_L
EOF
Если Вы хотите, чтобы оба ключа действовали как Клавиши CTRL, необходимо будет изменить это; я откровенно не понимаю xmodmap достаточно хорошо сам, чтобы сделать так, но это должно быть хорошей начальной точкой.