На самом деле это просто (и я сначала не нашел):
flatpak override --reset my.app.id
Обратите внимание, что также рекомендуется посмотреть, что вы изменили с помощью flatpak override --show
, где показаны все перезаписанные разрешения.
Если вы не укажете идентификатор приложения, глобальная перезапись будет сброшена.