Как настроить flatpak на CentOS?

На самом деле это просто (и я сначала не нашел):

flatpak override --reset my.app.id

Обратите внимание, что также рекомендуется посмотреть, что вы изменили с помощью flatpak override --show, где показаны все перезаписанные разрешения.

Если вы не укажете идентификатор приложения, глобальная перезапись будет сброшена.