Вы не можете ссылаться на обновления переменных, сделанные в дочернем процессе (канал подключен во время блока).
Вместо этого подайте данные, используя перенаправление ввода, например:
#!/bin/bash
data_file="$1"
down=()
counter=0
while read line; do
isEven=$(( $counter % 2 ))
if [ $isEven -eq 0 ]; then
down+=("$line")
fi
(( counter ++ ))
done < $data_file
echo ${down[@]}
exit
Запустите htop из терминала или откройте системный монитор, найдите pid используемого процесса и используйте команду kill, чтобы остановить процесс.