1
ответ

Добавление суффикса к имени файла во время цикла for в bash

Это, вероятно, спрашивали, но существующие ответы не имеют для меня смысла. Я запускаю цикл по нескольким файлам CSV в папке. В этой папке также есть не -csv-файлы, поэтому я должен указать...
23.07.2020
1
ответ

определение максимальной длины символов в каждом столбце с помощью цикла и awk

Я пытаюсь создать скрипт, который просматривает документ, находит символы максимальной длины в столбце и возвращает его. Этот скрипт возвращает 78,78,78,78, когда я стремлюсь к 10,11,14,51....
15.07.2020
1
ответ

добавление значений в динамический массив

#!/bin/bash range=$ (seq -f "cen%04g" 1052 1099 )range1=$ (seq -f "rh%04g" 1052 1099 )проверить (){ для node1 в ${range};do ping -q -c 1 -w 3 -s 10 $node1 >/dev/null if [...
03.07.2020
1
ответ

Массив Bash не добавляет элементы в конец

root@kali -linux :~/Softwares/Softwares/Tools/dirsearch #array= ()root@kali -linux :~/Softwares/Softwares/Tools/dirsearch #for i in 1 2 3 4 > делать > массив+= ($i )> сделано root@kali -linux :~/Программы/...
25.06.2020
1
ответ

Перемещение файлов в подпапки -на основе их имени файла, для нескольких подпапок

У меня более 100 подпапок (P _XXX ), каждая из которых содержит три набора файлов (run1, run2 и run3 ):/Анализ /P _076 /run1 /run2 /run3 swu _run1 _P _076 _vol _001.nii...
16.06.2020
1
ответ

Bash for loop — можно ли добавить команды в цикле в историю оболочки?

На терминале bash, если я выполняю следующий цикл for: for i in {1..5}; эхо $i; done Команды эха не добавляются в историю текущей оболочки. Это потому, что команды for (...
29.05.2020
1
ответ

Использование Grep для поиска в списке и возврата совпадений

У меня есть краткий список из 1000 имен генов и полный список из 20000 имен генов с идентификационными номерами. Я попытался настроить цикл for для поиска более короткого списка в полном списке, чтобы вернуть числа. ...
12.05.2020
1
ответ

Цикл for для подпапок и плоских папок одновременно

Я использую этот код в своих скриптах для обработки файлов внутри папки, но он работает только для подпапок. если [-d "$1"]; затем для файла в "${1%/}/"*/*(*.mkv|*.mp4|*.avi); знаю ли я, что могу просто удалить /* ...
24.03.2020
1
ответ

Сценарий Bash, который запускает параллельные потоки, значительно замедляется в течение нескольких часов.

У меня есть сценарий, который я придумал, который просто запускает другой процесс в фоновом режиме, который пытается контролировать максимальное количество запущенных процессов (в данном случае 300). Первоначально он выполняет сценарии в ...
17.03.2020
1
ответ

Элементы ссылки в цикле bash for из команды find

Предположим, у меня есть такой код: for i in $(find * -type f -name "*.txt"); do # echo [элемент по индексу] done Как мне получить доступ, если это возможно, к элементу по его индексу?
09.03.2020
1
ответ

Как выполнить скрипт на нескольких узлах с помощью Slurm?

У меня есть код R, который я хочу выполнить на нескольких узлах, используя Slurm, с каждой итерацией моего параметра, который проходит на узле. Это мой код Slurm: #!/bin/bash #SBATCH -o задание-%A_task.out #SBATCH -...
06.03.2020
1
ответ

упрощение цикла for

Я хотел бы понять приведенный ниже цикл for и, возможно, упростить его. Например, я хотел бы объединить файлы rem для каждого образца в каталоге.Файлы: file1.1.fq файл1.rem.1.fq file1.2....
06.03.2020
1
ответ

Эхо-переменная с индексом

Я устанавливаю var внутри цикла, например: eval "PB_$i=`cat btc_pub_$i.key`", где $i - индекс цикла. Я хочу выполнить echo или printf для $PB_$i ($PB_0,$PB_1 и т.д.) Я пытался использовать echo $PB_${i}, но...
05.02.2020
1
ответ

Как преобразовать мой цикл For в последовательное выполнение

Я написал следующее для цикла (распределенный по нескольким строкам здесь для лучшей читаемости): для F в CLEAN_READS/*_1.fa; do R=${F%_*}_2.fa; BASE=${F##*/}; ОБРАЗЕЦ=${BASE%_*}; сборка metascript -1 ...
22.01.2020
1
ответ

Как заменить команду Linux переменной в цикле for?

Это мои примеры файлов user@linux:~$ ls -l | вырезать -d '' -f 10- 01. старое имя.txt 02. старое имя.txt 03. старое имя.txt test.txt user@linux:~$ Это то, что я хочу сделать. user@linux:~$ для вывода в *...
15.12.2019
1
ответ

Изменение файла со значениями из другого файла — сценарий Bash

Я пытаюсь написать сценарий, который принимает два файла в качестве аргументов и изменяет файл .svg значениями из файла .csv. CSV-файл состоит из строк с двумя значениями; идентификатор, цвет. Мне нужно найти идентификатор в...
10.12.2019
1
ответ

Циклические строки и столбцы внутри awk для подсчета определенной подстроки для каждой ячейки

У меня есть файл .vcf из 138 первых строк заголовка (начинается с #) и остальных данных (snp в строках (322045) и пациентов с некоторой информацией в столбцах (первые 10). Я использовал скрипт bash для расчета ...
13.11.2019
1
ответ

Прикрепление нескольких файлов с помощью bash и отправка их по электронной почте с помощью SWAKS или другой программы

Я пытаюсь: Прикрепить несколько файлов к одному письму. Отправьте электронное письмо с использованием учетной записи Gmail с текущей датой и временем в заголовке темы. У меня проблемы с циклом for...
10.11.2019
1
ответ

Накладные расходы цикла Bash в 1000 раз выше ядра цикла

Вот небольшой эксперимент: t1=$(date +%s%N) та=0 для i в `seq 1 1000` do t1a=$(date +%s%N) echo blabla t2a=$(date +%s%N) ((ta=ta+(t2a-t1a))) Выполнено t2=$(дата +%s%N) echo diffb: $((t2-...
29.10.2019
1
ответ

Цикл for в Bash выполняет несколько операторов echo "не по порядку"

У меня есть сценарий bash: for j in "$(ls -d */)"; сделать эхо "$j" эхо "$j" сделано, и это выводит: dir1/ директор2/ директор3/ директор1/ директор2/ dir3/ Я хочу, чтобы он выводил следующее: dir1/ директор1/ директор2/ директор2/ ...
25.10.2019
1
ответ

Как использовать переменные bash в команде awk внутри bash для

Я хочу использовать набор предыдущих переменных, созданных для фильтрации столбцов файла с именем a.ped_snps.temp с awk в цикле for bash. Для этого я создал переменные bash: var_i_1, var_i_2, ... ...
22.10.2019
1
ответ

Как распечатать вывод, чтобы он выглядел как лестница?

Мой код в моем файле сценария оболочки: for i in {0..3} do COLOR_Value="\033[1;3"$i"m \t Hello World" echo -e $COLOR_Value done Вывод таков: (Каждый Hello World меняет цвет по мере того, как он ...
11.10.2019
1
ответ

vifm: выполнить команду для каждого выбранного файла отдельно

Я хочу, чтобы цикл for был аналогом vifm. Когда я не выбираю какой-либо файл, я могу ввести :!echo %f, и я вижу вывод эха с текущим именем файла в качестве аргумента. Когда я выбираю несколько файлов, :!echo %f дает вывод ...
07.10.2019
1
ответ

(Bash) Цикл for не работает должным образом

У меня есть цикл в скрипте bash, test.sh, который выглядит следующим образом: #!/bin/bash CHOSEN_NQUEUE=0 foo(){ для блока в $(seq 0 $((${CHOSEN_NQUEUE}-1))); сделать эхо "CHUNK = $(($chunk+1))" сделано } ...
01.10.2019
1
ответ

Показать ход выполнения цикла for после его запуска

Я запустил цикл for в интерактивном сеансе bash. Для этого вопроса мы можем предположить, что цикл был чем-то вроде for i in dir/*; сделать программу "$i" done > log Команда выполняется намного дольше, чем ...
21.09.2019
1
ответ

Понимание $() (и циклов for) в bash [дубликат]

У меня есть каталог с git внутри, и git branch дает мне следующий вывод: $ git branch branch1 * мастер ветки 2 Знак * отмечает текущую ветку. Я хотел бы использовать этот вывод в скрипте....
18.09.2019
1
ответ

цикл for не работает в bash

у меня есть приведенный ниже код для замены некоторых строк в нескольких файлах, но цикл for проверяет наличие первый файл и не выполнять сценарий perl. ниже мой код, если [ -f zebu.work.post_opt/...
22.08.2019
1
ответ

Входные данные конвейера из более чем 1 процесса

Я пытаюсь автоматизировать некоторые команды make. Наряду с целью у нас есть переменная, которая передается make (соответствует набору #ifdef в коде). Команда make выглядит так: make <...
20.08.2019
1
ответ

Каков правильный синтаксис для переменной цикла for в PATH?

Мне нужно выполнить следующий цикл: root1=path/to/root1 root2=путь/к/root2 для i в {1..2}; сделать ${root${i}}; done Это не дает желаемого результата: path/to/root1 path/to/root2 Администратор предложил ...
22.07.2019
1
ответ

for цикл с индексами

Предположим, у меня есть следующий цикл: for i in {1..3} do mkdir $i done Так как у меня много других циклов в основном коде и я собираюсь регулярно менять размер последовательности, я хотел бы...
01.07.2019