Попробуйте конфигурацию SSH, как предложено ответом Georgyo. Если это не сработает, вы, вероятно, работаете против какого-то вроде ограничения времени подключения, налагаемый брандмауэром где-то. Если это так, и у вас нет способа удаления тайм-аута, вы можете попробовать использовать что-то вроде экрана, чтобы поддерживать процесс, даже когда ваша сессия SSH отключается. Я использую Byobu почти на все в любом случае.